Üniversitemiz, çıktıları ülkemizin ve bölgemizin sorunlarını çözme ve rekabet gücünü artırma potansiyeli yüksek bilimsel araştırmalara öncelik vermektedir.
Uluslararası standartları göz ardı etmeden bölgesel kalkınmaya katkı sağlamayı hedefleyen Afyon Kocatepe Üniversitesi, araştırma-geliştirme faaliyetlerinin odağına stratejik planda öncelikli alanlar olarak belirlenen maden ve doğal taşlar, jeotermal kaynaklar, termal turizmi, gastronomi, gıda, hayvancılık, hayvan sağlığı, hayvansal gıda alanlarını koymaktadır.
Üniversite bünyesinde öncelikli alanlarla ilgili uygulama ve araştırma merkezleri, toplumsal katkıya dönük araştırma-geliştirme faaliyetlerinin temelini oluşturmaktadır. Ayrıca öncelikli alanlarla ilgili lisansüstü eğitim programları, araştırma-geliştirme faaliyetlerinin eğitim-öğretim süreçleriyle bütünleştiği alanlardır. Üniversitemizdeki bilimsel araştırma-geliştirme faaliyetlerinin kalitesini yükseltmek amacıyla Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinasyon Birimi tarafından yeterli bulunan tüm alanlardaki nitelikli bilimsel projelere destek verilmektedir. Bununla birlikte öncelikli alanlardaki tez projeleri, disiplinler arası ve çok disiplinli çalışmalar ve dış paydaşların katıldığı araştırma faaliyetleri hususunda ayrıcalıkların sunulması hedeflenmektedir.
Üniversitemiz, araştırma-geliştirme faaliyetlerinin yapıldığı uygulama araştırma merkezlerine ve bölüm/programlara ait laboratuvarların etkili bir biçimde kullanımını etkin ve izlenebilir hale getirmeyi hedeflemektedir. Üniversitemiz ayrıca araştırma-geliştirme faaliyetlerine ilişkin ihtiyaçların büyük kısmının Üniversite mali kaynaklarından karşılandığı tespitinden hareketle dış kaynak kullanarak yapılan araştırma-geliştirme faaliyetlerinin nitelik ve niceliğini artırmayı hedeflemektedir. Teknoloji Transfer Ofisi Koordinatörlüğü (TTO) ise Avrupa Birliği gibi uluslararası, TÜBİTAK ve bakanlıklar gibi ulusal, kalkınma ajansları gibi bölgesel kurumların proje bütçelerinden faydalanmayı önemsemekte ve Üniversitemizdeki tüm araştırma-geliştirme birimleri ile eğitim birimlerini teşvik için çeşitli eğitimler düzenlemektedir. İç ve dış paydaşların bütünleştiği araştırma-geliştirme faaliyetlerinin çoğunluğunu Teknopark bünyesindeki projelerin oluşturduğu düşüncesinden hareketle Üniversitemiz, Teknoparkta yer alan iç ve dış paydaşların sayısını artırmayı, yapılacak iş birliklerini ve organizasyonları çeşitlendirmeyi hedeflenmektedir.
Afyon Kocatepe Üniversitesi, bilimin ve teknolojinin ilerlemesine katkı sağlamayı, açık, tekrarlanabilir ve güvenilir araştırma çıktıları ile uygulamalarını benimseyerek; toplum ve tüm paydaşların yararına bilginin yayılmasını, yayınlara ve verilere açık erişimi kolaylaştıran araçlar ve araştırma süreçlerini özendirmeyi ve desteklemeyi ilke edinmektedir.
Üniversitemiz araştırmacılarının yurt dışı ve yurt içi kuruluşlarla yapacağı bilimsel proje iş birliklerine önem verilmektedir. Ayrıca Üniversitemiz, araştırmacıların bilimsel araştırma yapmasına yönelik maddi desteklerin yanı sıra araştırmanın sürdürülebilmesi ve sonuçlandırılması ile ilgili bürokratik prosedürlerin basitleştirilmesini öncelemektedir.